1972-ben egy idegen űrkaput fedeznek fel a Holdon, amin keresztül az emberek a Marsra tudnak eljutni. Itt pedig egy egykori idegen kultúra, az Aldnoah fennmaradt technológiájára bukkannak. A marsi telepesek ezt felhasználva egy szuperfejlett birodalmat hoznak létre Vers néven. Ez a fejlettség felsőbbrendűségi komplexushoz vezet az emberiség Földön maradt részével szemben, ami 1999-ben egy invázióban csúcsosodik ki.